{"id":1752,"date":"2021-03-30T08:17:54","date_gmt":"2021-03-30T08:17:54","guid":{"rendered":"https:\/\/asproposito.it\/?p=1752"},"modified":"2025-02-11T14:16:43","modified_gmt":"2025-02-11T14:16:43","slug":"varianti-veneto","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/2021\/03\/30\/varianti-veneto\/","title":{"rendered":"Varianti Veneto"},"content":{"rendered":"\n<!--more-->\n\n\n\n<h1 class=\"wp-block-heading\">Aggiornamento sulle caratteristiche genetiche di SARS-CoV-2 identificati in Veneto (5\u00b0 aggiornamento)<\/h1>\n\n\n\n<p><a href=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/author\/istituto-zooprofilattico-sperimentale-delle-venezi\/\">Redazione<\/a>2021-03-30T14:19:40+02:00<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Questo report descrive le caratteristiche genetiche di ulteriori 103 campioni di SARS-CoV-2 identificati in Veneto, per un totale di 224 campioni prelevati tra novembre 2020 e febbraio 2021 e 36 campioni raccolti tra marzo e ottobre 2020.<\/h3>\n\n\n\n<p>Su mandato regionale l\u2019Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie (IZSVe) sta monitorando le caratteristiche genetiche e la variabilit\u00e0 dei ceppi di SARS-CoV-2 presenti in Veneto. L\u2019emergere di mutazioni nel genoma di agenti virali ad RNA come SARS-CoV-2 \u00e8 un evento naturale ed atteso. Cambiamenti nella trasmissibilit\u00e0 del virus, nella gravit\u00e0 della malattia, nella capacit\u00e0 del virus di sfuggire all\u2019immunit\u00e0 acquisita (post-infezione o vaccinazione) e ai test diagnostici in uso: questi sono gli elementi cruciali che definiscono le dinamiche di interazione di SARS-CoV-2 con la popolazione ospite. Sequenziare il genoma di un virus significa poter riconoscere l\u2019emergere di varianti virali che possono modificare l\u2019andamento e l\u2019impatto dell\u2019epidemia. Le mutazioni pi\u00f9 interessanti sono a livello della proteina Spike del virus data l\u2019importanza che questa riveste per il legame con i recettori cellulari e perch\u00e9 verso di essa sono rivolti i principali anticorpi che danno la protezione verso l\u2019infezione e le forme cliniche.<\/p>\n\n\n\n<p>Le analisi descritte in questo reprt sono basate sulle sequenze disponibili in GISAID in data 8 marzo 2020. Si ringraziano tutti coloro che hanno condiviso le sequenze nel database e le ULSS 1, ULSS 2, ULSS 3, ULSS 4, ULSS 5, ULSS 6, ULSS 7, ULSS 8, ULSS 9, U.O.C Microbiologia e virologia dell\u2019Azienda ospedaliera\/Universit\u00e0 di Padova e dell\u2019Azienda ospedaliera universitaria integrata di Verona che hanno inviato i campioni oggetto di questo report.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">In evidenza<\/h3>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Identificati\u00a0<strong>21\u00a0<em>lineage\u00a0<\/em><\/strong>in Veneto dal mese di novembre 2020. Nel mese di febbraio 2021 \u00e8 stata individuata la circolazione di 9\u00a0<em>lineage<\/em>\u00a0distinti, di cui 5 mai descritti in Veneto in precedenza.<\/li>\n\n\n\n<li>Il risultato della seconda sorveglianza \u201c<em>Prevalenza delle varianti VOC 202012\/01 (lineage B.1.1.7), P.1, e 501.V2 (lineage B.1.351) in Italia<\/em>\u201d del 18 febbraio, coordinata da ISS, ha evidenziato un aumento della prevalenza della<strong>\u00a0variante inglese<\/strong>\u00a0<strong>VOC-202012\/01\u00a0<\/strong>(<em>lineage\u00a0<\/em>1.1.7) in Veneto, che \u00e8 passata da circa il 17% della prima sorveglianza ISS del 4-5 febbraio al 56.6%.<\/li>\n\n\n\n<li>Seppure a fine febbraio non siano state implementate ulteriori indagini di prevalenza coordinate dall\u2019Istituto Superiore di Sanit\u00e0 (ISS), si ipotizza che la variante inglese VOC-202012\/01 possa aver ulteriormente aumentato la sua presenza sul territorio regionale, data la sua rilevazione nell\u201988,4% dei campioni prelevati nell\u2019ultima settimana di febbraio, conferiti nell\u2019ambito della sorveglianza regionale. La prossima sorveglianza coordinata dall\u2019ISS prevista nel mese di marzo sar\u00e0 di aiuto nel definire la reale prevalenza della VOC-202012\/01 nella regione.<\/li>\n\n\n\n<li>Due campioni prelevati tra fine gennaio e inizio febbraio nelle province di Padova e Venezia da pazienti appartenenti ad un singolo cluster di infezione appartengono alla\u00a0<strong>variante brasiliana P.1<\/strong>. Nessuno dei pazienti riportava recenti viaggi all\u2019estero o contatti con pazienti provenienti dall\u2019estero. La variante P.1 si caratterizza per una maggiore trasmissibilit\u00e0 rispetto alla variante wildtype e una maggiore resistenza all\u2019attivit\u00e0 neutralizzante del plasma di individui guariti dall\u2019infezione e del siero di individui vaccinati.<\/li>\n\n\n\n<li>Un campione prelevato a febbraio appartiene alla\u00a0<strong>variante brasiliana P.2<\/strong>, la quale similmente alla variante P.1, si caratterizza per la presenza della mutazione E484K nella proteina Spike<\/li>\n\n\n\n<li>Un campione prelevato in provincia di Venezia (ULSS 4) a febbraio, da un contatto con una persona positiva rientrata dalla Nigeria, appartiene alla\u00a0<strong>variante Nigeriana B.1.525<\/strong><\/li>\n\n\n\n<li>Non sono stati identificati casi di variante 501.V2 (variante sudafricana)<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity\"\/>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Limiti dello studio<\/h2>\n\n\n\n<p>Il numero di campioni sequenziati ad oggi da IZSVe \u00e8 limitato rispetto al numero di casi positivi in Veneto e fornisce solo un\u2019istantanea parziale delle possibili varianti circolanti nel territorio.<\/p>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity\"\/>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Varianti identificate in Veneto<\/h2>\n\n\n\n<p>In totale,&nbsp;<strong>i virus<\/strong>&nbsp;<strong>caratterizzati in Veneto da novembre 2020 appartengono a 21 diversi PANGO lineage&nbsp;<\/strong>(nomenclatura aggiornata al 8 marzo 2021) (Tabella 1), di cui 7 (B.1.177, B.1.177.7, B.1.177.10, B.1.160, B.1.160.7, P.1, B.1.1.7) appartengono a varianti selezionate dal Centro europeo per la prevenzione e controllo delle malattie (ECDC) come&nbsp;<a href=\"https:\/\/www.ecdc.europa.eu\/sites\/default\/files\/documents\/COVID-19-riskrelated-to-spread-of-new-SARS-CoV-2-variants-EU-EEA.pdf\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">VOC \u201cvariants of concern\u201d<\/a>&nbsp;(Tabella 1).<\/p>\n\n\n\n<p>Similmente a quanto osservato nel territorio nazionale, i lineage prevalenti circolanti in Veneto dal mese di novembre sono il B.1.177 (20A.EU1), B.1.160 (20A.EU2) e la variante inglese B.1.1.7 (VOC 202012\/01) (Figure 1 e 2 e Tabella 1), con quest\u2019ultima che ha rapidamente assunto la condizione di variante prevalente.<\/p>\n\n\n\n<p><em>Tabella 1. Lista delle varianti identificate in Veneto a partire dal mese di novembre 2020. In grassetto le varianti indicate da ECDC come varianti di particolare interesse o VOC (\u201cvariants of concern\u201d). I dati riportati fanno riferimento solamente ai virus di cui si dispongono sequenze del genoma completo. In rosso sono evidenziate le varianti inglese (B.1.1.7 \u2013 VOC 202012\/01) e brasiliana (P.1 \u2013 20J\/501Y.V3)<\/em><\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-table\"><table class=\"has-fixed-layout\"><tbody><tr><th>Lineage<\/th><th>Nov-20<\/th><th>Dic-20<\/th><th>Gen-21<\/th><th>Feb-21<\/th><th>Totale<br>nov\/20-feb\/21<\/th><\/tr><tr><td><strong>B.1.177 (Nextstrain cluster 20E.EU1)<\/strong><\/td><td>37<\/td><td>51<\/td><td>25<\/td><td>11<\/td><td>124<\/td><\/tr><tr><td><strong>B.1.160 (Nextstrain cluster 20A.EU2)<\/strong><\/td><td>11<\/td><td>18<\/td><td>4<\/td><td>5<\/td><td>38<\/td><\/tr><tr><td><strong>B.1.1.7 (VOC 202012\/01)<\/strong><\/td><td>0<\/td><td>8<\/td><td>7<\/td><td>5<\/td><td>20<\/td><\/tr><tr><td>B.1.1.1<\/td><td>5<\/td><td>5<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>10<\/td><\/tr><tr><td>A.21<\/td><td>4<\/td><td>2<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>7<\/td><\/tr><tr><td>B.1.221<\/td><td>3<\/td><td>3<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>7<\/td><\/tr><tr><td>B.1.258<\/td><td>1<\/td><td>4<\/td><td>0<\/td><td>2<\/td><td>7<\/td><\/tr><tr><td><strong>P.1 (20J\/501Y.V3)<\/strong><\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><td>2<\/td><\/tr><tr><td>B.1<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>2<\/td><\/tr><tr><td>B.1.1.241<\/td><td>2<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>2<\/td><\/tr><tr><td>B.1.367<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>2<\/td><\/tr><tr><td>B.1.1.10<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td>B.1.1.136<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td>B.1.1.217<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td>B.1.1.307<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td><strong>B.1.177.10&nbsp; (Nextstrain cluster 20E.EU1)<\/strong><\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td><strong>B.1.177.7 (Nextstrain cluster 20E.EU1)<\/strong><\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td><strong>B.1.160.7 (Nextstrain cluster 20A.EU2)<\/strong><\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td>B.1.258.17<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td>B.1.525<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><\/tr><tr><td>P.2<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>0<\/td><td>1<\/td><td>1<\/td><\/tr><\/tbody><\/table><\/figure>\n\n\n\n<p><em>Figura 1. Distribuzione dei diversi lineage per mese in Italia (dati basati sulle sequenze italiane disponibili in GISAID in data 08\/03\/2021).<\/em><\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image\"><a href=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/wp-content\/uploads\/2021\/03\/figura-1-distribuzione-lineage-italia-2.jpg\"><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/wp-content\/uploads\/2021\/03\/figura-1-distribuzione-lineage-italia-2-800x613.jpg\" alt=\"Figura 1. Distribuzione lineage Italia\"\/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<p><em>Figura 2.&nbsp;Distribuzione mensile dei principali lineage circolanti in Italia sulla base dei genomi completi disponibili. Si pu\u00f2 notare che i genotipi B.1 e B.1.1.29 non sono pi\u00f9 stati rilevati dalla seconda met\u00e0 dello scorso anno mentre sono diventati prevalenti i genotipi B.1.177 e B.1.1.7 (dati basati sulle sequenze italiane disponibili in GISAID in data 08\/03\/2021).<\/em><\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image\"><a href=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/wp-content\/uploads\/2021\/03\/Figura-2.-distribuzione-mensile-lineage.jpg\"><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/wp-content\/uploads\/2021\/03\/Figura-2.-distribuzione-mensile-lineage-800x563.jpg\" alt=\"Figura 2. Distribuzione mensile dei principali lineage circolanti in Italia sulla base dei genomi completi disponibili. \"\/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity\"\/>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Da segnalare nel mese di febbraio<\/h2>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Aumento dei casi di variante inglese B.1.1.7 (VOC 202012\/01)<\/h3>\n\n\n\n<p>Questo report descrive esclusivamente i campioni per i quali \u00e8 stato sequenziato il genoma completo. Tuttavia, per la variante B.1.1.7 riteniamo opportuno riportare anche i dati ottenuti dai risultati del sequenziamento parziale della proteina Spike di tutti i campioni relativi al mese di febbraio 2021 (dati disponibili al giorno 09\/03\/2021). Tali dati mostrano chiaramente che la variante B.1.1.7 \u00e8 ormai diventata la variante prevalente nella nostra regione, passando da un 17,6% nella prima settimana (1 \u2013 7 febbraio) a un 88,4% nella quarta settimana (22 \u2013 28 febbraio) del mese (Figura 3).<\/p>\n\n\n\n<p>L\u2019analisi del genoma completo non ha evidenziato ad oggi l\u2019emergere di ulteriori mutazioni a livello del sito recettoriale della proteina Spike in questo lineage, segnalate in letteratura per il loro impatto sul fenotipo virale.<\/p>\n\n\n\n<p><em>Figura 3. Frequenza della variante B.1.1.7 sulla base del sequenziamento parziale della proteina Spike di tutti i campioni prelevati nel mese di febbraio e inviati all\u2019IZSVe.<\/em><\/p>\n\n\n\n<figure class=\"wp-block-image\"><a href=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/wp-content\/uploads\/2021\/03\/figura-3-frequenza-variante-inglese.jpg\"><img decoding=\"async\" src=\"https:\/\/www.izsvenezie.it\/wp-content\/uploads\/2021\/03\/figura-3-frequenza-variante-inglese-800x563.jpg\" alt=\"Figura 3. Frequenza della variante B.1.1.7 sulla base del sequenziamento parziale della proteina Spike di tutti i campioni prelevati nel mese di febbraio e inviati all\u2019IZSVe.\"\/><\/a><\/figure>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Identificazione di un cluster di infezione della variante brasiliana P.1<\/h3>\n\n\n\n<p>Tra fine gennaio e i primi di febbraio 2021 \u00e8 stato riportato un focolaio di&nbsp;<strong>variante brasiliana P.1<\/strong>&nbsp;in otto pazienti delle province di Padova (inviati da UOC Microbiologia e Virologia di Padova) e Venezia. Il caso indice non riportava viaggi recenti all\u2019estero o contatto con soggetti che avevano soggiornato di recente all\u2019estero. Per due di questi campioni \u00e8 stato ottenuto il genoma completo: le sequenze sono risultate identiche tra loro.<\/p>\n\n\n\n<p>Questa variante, riportata per la prima volta in Giappone in viaggiatori di ritorno dal Brasile e successivamente in Brasile, appartiene al Nextstrain clade 20B (https:\/\/nextstrain.org\/), GISAID clade GR (https:\/\/www.gisaid.org\/) e PANGO lineage P.1 (https:\/\/cov-lineages.org\/). Tale variante si caratterizza per 11 mutazioni nella proteina Spike rispetto al lineage progenitore (B.1.1.28), tre delle quali localizzate nel dominio di legame al recettore (sottolineate): L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,&nbsp;K417T,&nbsp;E484K,&nbsp;N501Y, H655Y, T1027I, and V1176F (Figura 4).<\/p>\n\n\n\n<p>Da notare che i due casi veneti di variante brasiliana qui riportati non presentano la mutazione nella Spike K417T (Figura 4), che \u00e8 invece presente in tutte le altre sequenze italiane appartenenti a questo lineage (117 sequenze depositate in GISAID in data 11\/03\/2021).<\/p>\n\n\n\n<p>La variante P.1 si caratterizza per un&nbsp;<strong>aumento della trasmissibilit\u00e0<\/strong>&nbsp;(2.5 volte pi\u00f9 elevata rispetto alla variante wildtype) (Faria&nbsp;<em>et al.<\/em>, preprint; Coutinho&nbsp;<em>et al.<\/em>, preprint). Inoltre tale variante sembra sfuggire al riconoscimento da parte di diversi anticorpi monoclonali e si ipotizza essere associata ad una&nbsp;<strong>riduzione della capacit\u00e0 neutralizzante del plasma di individui guariti dall\u2019infezione<\/strong>(6.5 volte) e&nbsp;<strong>del siero di individui vaccinati<\/strong>&nbsp;(2.2-2.8 volte), seppure in misura minore rispetto a quanto riportato per la variante sudafricana B.1.351 (6.5-8.6 volte). La mutazione E484K sembra essere una delle principali responsabili della ridotta attivit\u00e0 neutralizzante degli anticorpi (Wang&nbsp;<em>et al.<\/em>, preprint).<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Identificazione della variante brasiliana P.2<\/h3>\n\n\n\n<p>Un campione prelevato a febbraio appartiene alla variante brasiliana P.2. Si tratta di una variante identificata per la prima volta in Brasile ed \u00e8 caratterizzata dalla mutazione E484K nella proteina Spike (Figura 4). Tale variante, identificata in Veneto per la prima volta, \u00e8 stata sequenziata in Italia solo una volta in Friuli Venezia Giulia (in base ai dati disponibili in GISAID al 12\/02\/21).<\/p>\n\n\n\n<p>Ad oggi non sono disponibili studi sulle caratteristiche di questa variante. Tuttavia la presenza della mutazione E484K nella proteina Spike, osservata anche nelle varianti brasiliana P.1 e sudafricana B.1.351, potrebbe essere responsabile di una riduzione della capacit\u00e0 neutralizzante degli anticorpi (Andreano&nbsp;<em>et al.<\/em>, preprint).<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Identificazione della variante nigeriana B.1.525<\/h3>\n\n\n\n<p>Un campione prelevato ad inizio febbraio in provincia di Venezia da un paziente venuto a contatto con un caso positivo di ritorno dalla Nigeria, \u00e8 risultato appartenere alla variante B.1.525, conosciuta anche come variante nigeriana. Tale variante, identificata in Veneto per la prima volta, ma riportata in precedenza in altre regioni Italiane (Campania, Emilia Romagna, Lazio e Piemonte in base ai dati disponibili in GISAID al 12\/03\/21), si contraddistingue per le mutazioni Q52R, E484K, Q677H, F888L nella proteina Spike e le stesse delezioni in posizione 69-70 e 144 tipiche della variante inglese B.1.1.7. In aggiunta, il campione sequenziato presenta nella proteina Spike la mutazione A67V, gi\u00e0 identificata in altri virus appartenenti a questo lineage (Figura 4).<\/p>\n\n\n\n<p>Ad oggi non sono disponibili studi su questa variante. Tuttavia la presenza della mutazione E484K nella proteina Spike, osservata anche nelle varianti brasiliana P.1 e sudafricana B.1.351 potrebbe causare una riduzione&nbsp; della capacit\u00e0 neutralizzante degli anticorpi (Andreano&nbsp;<em>et al.<\/em>, preprint).<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Identificazione del lineage B.1.1.136<\/h3>\n\n\n\n<p>Il&nbsp;<em>lineage<\/em>&nbsp;B.1.1.136 \u00e8 stato identificato in un campione prelevato nella provincia di Padova da un paziente di rientro dall\u2019Iran. Si tratta della prima segnalazione in Italia del lineage B.1.1.136, un lineage molto raro identificato per la prima volta in Australia, il quale si caratterizza per la presenza della mutazione N501Y nella proteina Spike (Figura 4).<\/p>\n\n\n\n<p>Ad oggi non sono disponibili studi su questa variante. Tuttavia consideriamo importante segnalare e monitorare tale lineage vista la presenza della mutazione N501Y nella proteina Spike, tipica anche delle varianti inglese B.1.1.7, brasiliana P.1 e sudafricana B.1.351.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Emergenza della mutazione E484K in un paziente con positivit\u00e0 prolungata<\/h3>\n\n\n\n<p>Due campioni dello stesso paziente (positivo dal 03\/12\/2020) prelevati in data 07\/01\/2021 e 22\/01\/2021 sono stati sequenziati. I genomi di SARS-CoV-2 ottenuti dai due campioni appartengono al lineage B.1.177 e si differenziano tra di loro per 4 sostituzioni nucleotidiche e 3 amminoacidiche.<\/p>\n\n\n\n<p>In particolare, il campione del 22\/01 ha acquisito rispetto al campione del 07\/01 le seguenti mutazioni (Figura 4):<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>I310V nella proteina nsp3<\/li>\n\n\n\n<li>E484K nel dominio di legame al recettore della proteina Spike<\/li>\n\n\n\n<li>S929I nel dominio HR1 della proteina Spike<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p>\u00c8 particolarmente interessante l\u2019acquisizione della mutazione E484K nella proteina Spike, osservata anche nelle varianti brasiliana P.1 e sudafricana B.1.351, che potrebbe ridurre la capacit\u00e0 neutralizzante degli anticorpi e che potrebbe essere comparsa come effetto di un\u2019infezione prolungata, come gi\u00e0 osservato da Andreano&nbsp;<em>et al.<\/em>, preprint.<\/p>\n\n\n\n<p>Inoltre entrambi i campioni presentano una delezione di 235 nucleotidi a livello dell\u2019ORF8. \u00c8 quindi probabile che la proteina NS8, codificata da ORF8, non venga espressa o non sia funzionante. Delezioni in questa regione del genoma sono state segnalate frequentemente (<a href=\"https:\/\/www.thelancet.com\/article\/S0140-6736(20)31757-8\/fulltext)\">Barnaby&nbsp;<em>et al.<\/em>, 2020)<\/a>. Inoltre \u00e8 stato ipotizzato che la comparsa di delezioni in questo gene potrebbe essere dovuta anche ad una forte risposta anticorpale contro la proteina NS8 (<a href=\"https:\/\/mbio.asm.org\/content\/11\/4\/e01610-20\">Su<\/a>&nbsp;<em>et al.<\/em>, 2020). \u00c8 possibile quindi che tale delezione sia comparsa nel virus nel corso della sua evoluzione intra-ospite per effetto della pressione selettiva esercitata da parte del sistema immunitario.<\/p>\n\n\n\n<h3 class=\"wp-block-heading\">Emergenza di mutazioni nel sito di legame del recettore della proteina Spike nel lineage B.1.177<\/h3>\n\n\n\n<p>B.1.177 \u00e8 uno dei lineage che ha circolato pi\u00f9 estensivamente nel corso della seconda ondata epidemica in Italia. Nei campioni del mese di febbraio abbiamo osservato la comparsa di mutazioni nel sito di legame al recettore della proteina Spike (Figura 4), che meritano di essere evidenziate. Specificatamente:<\/p>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>E484K: mutazione osservata in un campione della provincia di Venezia<\/li>\n\n\n\n<li>S494P: mutazione osservata in un campione della provincia di Rovigo. La mutazione S494P riduce l\u2019affinit\u00e0 di uno specifico anticorpo monoclonale verso la proteina Spike (Tortorici\u00a0<em>et al<\/em>., 2020).<\/li>\n\n\n\n<li>E516Q: mutazione osservata in un campione della provincia di Venezia riconducibile a un focolaio in una scuola. Tale mutazione cade all\u2019interno di un epitopo riconosciuto da parte di anticorpi monoclonali (Wu\u00a0<em>et al.,<\/em>\u00a02020)<\/li>\n\n\n\n<li>P521S: mutazione osservata in un campione della provincia di Padova prelevato da un paziente di ritorno dal Brasile. Non \u00e8 noto l\u2019effetto di tale mutazione sulle caratteristiche fenotipiche del virus.<\/li>\n<\/ul>\n\n\n\n<p><em>Figura 4. Heatmap delle varianti amminoacidiche identificate nella proteina Spike dei campioni analizzati da Novembre 2020. I quadrati in verde evidenziano le mutazioni identificate in ciascun campione. I campioni analizzati nel presente report sono indicati in rosso. In giallo sono evidenziate le mutazioni tipiche della variante inglese (lineage B.1.1.7); in rosso: mutazioni del campione che cadono nel dominio di legame al recettore della Spike.<\/em><\/p>\n\n\n\n<hr class=\"wp-block-separator has-alpha-channel-opacity\"\/>\n\n\n\n<h2 class=\"wp-block-heading\">Referenze<\/h2>\n\n\n\n<ul class=\"wp-block-list\">\n<li>Faria NR, Morales Claro I, Candido D,\u00a0<em>et al.<\/em>\u00a0<a href=\"https:\/\/virological.org\/t\/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings\/586\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings<\/a>. Virological.org [Preprint posted online January 20, 2021]<\/li>\n\n\n\n<li>Renato Mendes Coutinho, Flavia Maria Darcie Marquitti, Leonardo Souto Ferreira, Marcelo Eduardo Borges, Rafael Lopes Paix\u00e3o da Silva, Otavio Canton, Tatiana P. Portella, Silas Poloni Lyra, Caroline Franco, Antonio Augusto Moura da Silva, Roberto A. Kraenkel, Maria Am\u00e9lia de Sousa Mascena Veras, Paulo In\u00e1cio Prado.\u00a0<a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1101\/2021.03.03.21252706\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Model-based estimation of transmissibility and reinfection for the P.1 variant of the SARS-CoV-2<\/a>. medRxiv 2021.03.03.21252706<\/li>\n\n\n\n<li>Pengfei Wang, Maple Wang, Jian Yu, Gabriele Cerutti, Manoj S. Nair, Yaoxing Huang, Peter D. Kwong, Lawrence Shapiro, David D. Ho.\u00a0<a href=\"https:\/\/doi.org\/10.1101\/2021.03.01.433466\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization<\/a>. bioRxiv 2021.03.01.433466<\/li>\n\n\n\n<li>Andreano E, Piccini G, Licastro D, Casalino L, Johnson NV, Paciello I, Monego SD, Pantano E, Manganaro N, Manenti A, Manna R, Casa E, Hyseni I, Benincasa L, Montomoli E, Amaro RE, McLellan JS, Rappuoli R.\u00a0<a href=\"https:\/\/www.biorxiv.org\/content\/10.1101\/2021.03.01.433466v1\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">SARS-CoV-2 escape in vitro from a highly neutralizing COVID-19 convalescent plasma<\/a>. bioRxiv [Preprint]. 2020 Dec 28:2020.12.28.424451. PMID: 33398278; PMCID: PMC7781313.<\/li>\n\n\n\n<li>Young, Barnaby &amp; Fong, Siew-Wai &amp; Chan, Yi-Hao &amp; Mak, Tze Minn &amp; Ang, Li &amp; Anderson, Danielle &amp; Lee, Cheryl &amp; Amrun, Siti Naqiah &amp; Lee, Bernett &amp; Goh, Yun &amp; Su, Yvonne &amp; Wei, Wycliffe &amp; Kalimuddin, Shirin &amp; Chai, Louis &amp; Pada, Surinder &amp; Tan, Seow Yen &amp; Sun, Louisa &amp; Parthasarathy, Purnima &amp; Chen, Yuan &amp; Ng, Lisa. (2020).\u00a0<a href=\"https:\/\/www.thelancet.com\/article\/S0140-6736(20)31757-8\/fulltext\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study<\/a>. The Lancet. 396. 10.1016\/S0140-6736(20)31757-8.<\/li>\n\n\n\n<li>Su, Yvonne &amp; Anderson, Danielle &amp; Young, Barnaby &amp; Linster, Martin &amp; Zhu, Feng &amp; Jayakumar, Jayanthi &amp; Zhuang, Yan &amp; Kalimuddin, Shirin &amp; Low, Jenny &amp; Chee Wah, Tan &amp; Chia, Wan &amp; Mak, Tze Minn &amp; Octavia, Sophie &amp; Chavatte, Jean-Marc &amp; Lee, Raphael Tze Chuen &amp; Pada, Surinder &amp; Tan, Seow Yen &amp; Sun, Louisa &amp; Yan, Gabriel &amp; Smith, Gavin. (2020).\u00a0<a href=\"https:\/\/mbio.asm.org\/content\/11\/4\/e01610-20\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Discovery and Genomic Characterization of a 382-Nucleotide Deletion in ORF7b and ORF8 during the Early Evolution of SARS-CoV-2<\/a>. mBio. 11. 10.1128\/mBio.01610-20.<\/li>\n\n\n\n<li>Wu Y, Li C, Xia S, Tian X, Kong Y, Wang Z, Gu C, Zhang R, Tu C, Xie Y, Yang Z, Lu L, Jiang S, Ying T.\u00a0<a href=\"https:\/\/www.sciencedirect.com\/science\/article\/abs\/pii\/S193131282030250X\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Identification of Human Single-Domain Antibodies against SARS-CoV-2<\/a>. Cell Host Microbe. 2020 Jun 10;27(6):891-898.e5. doi: 10.1016\/j.chom.2020.04.023. Epub 2020 May 14. PMID: 32413276; PMCID: PMC7224157.<\/li>\n\n\n\n<li>A. Tortorici, M. Beltramello, F. A. Lempp, D. Pinto, H. V. Dang, L. E. Rosen, M. McCallum, J. Bowen, A. Minola, S. Jaconi, F. Zatta, A. D. Marco, B. Guarino, S. Bianchi, E. J. Lauron, H. Tucker, J. Zhou, A. Peter, C. Havenar-Daughton, J. A. Wojcechowskyj, J. B. Case, R. E. Chen, H. Kaiser, M. Montiel-Ruiz, M. Meury, N. Czudnochowski, R. Spreafico, J. Dillen, C. Ng, N. Sprugasci, K. Culap, F. Benigni, R. Abdelnabi, S.-Y. C. Foo, M. A. Schmid, E. Cameroni, A. Riva, A. Gabrieli, M. Galli, M. S. Pizzuto, J. Neyts, M. S. Diamond, H. W. Virgin, G. Snell, D. Corti, K. Fink, D. Veesler,\u00a0<a href=\"https:\/\/science.sciencemag.org\/content\/370\/6519\/950\" target=\"_blank\" rel=\"noreferrer noopener\">Ultrapotent human antibodies protect against SARS-CoV-2 challenge via multiple mechanisms<\/a>. Science (2020), doi:10.1126\/science.abe3354<\/li>\n<\/ul>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":1,"featured_media":1753,"comment_status":"closed","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":""},"categories":[242],"tags":[4,22,201],"class_list":["post-1752","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-varianti","tag-covid","tag-covid-19","tag-variante"],"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/asproposito.it\/wp-content\/uploads\/2025\/02\/varianti-veneto.jpg","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1752","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=1752"}],"version-history":[{"count":1,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1752\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":1755,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/1752\/revisions\/1755"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media\/1753"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=1752"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=1752"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/asproposito.it\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=1752"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}